Der Müggelsee befindet sich im Südosten Berlins im Bezirk Köpenick. Er besteht aus dem Großen Müggelsee und dem Kleinen Müggelsee und wird von der Spree - hier Müggelspree genannt - durchflossen.
Der Große Müggelsee ist 4,4 km lang und 2,6 km breit. Mit einer Fläche von mehr als 750 ha ist er der größte Berliner See und eines der wichtigsten Trinkwasserreservoirs Berlins. Der See ist jedoch nicht besonders tief. Er hat eine Maximaltiefe von knapp 8 m. Die mittlere Wassertiefe beträgt 4,8 m. Taucher können Hecht, Barsch, Aal, Zander, Rapfen, Karpfen und viel Weißfisch wie Plötzen, Rotfeder und Blei treffen. Die Sicht ist aber im Allgemeinen recht schlecht. Sie sinkt im Sommer auf unter einem Meter.
Im Osten ist der Große Müggelsee mit dem Kleinen Müggelsee verbunden. Die ca. 15 ha große seeartige Erweiterung der Müggelspree ist deutlich flacher als der Große M�ggelsee. Der Kleine Müggelsee hat eine mittlere Wassertiefe von gerade einmal 3,6 m. Der Seegrund ist sehr schlammig. Sehenswert ist lediglich der Uferbereich mit einigen ins Wasser gestürzten Bäumen.
Im Juli 2004 entdeckten Taucher des Tauchsportklubs Adlershof e.V. im nördlichen Teil des Großen Müggelsees mehrere Fliegerbomben aus dem 2. Weltkrieg. Der Fund erregte erhebliches mediales Aufsehen. Das Fernsehen, Radiosender sowie fast alle Berliner Tageszeitungen berichteten - zum Teil sogar auf ihren Titelseiten - über die Bergung der Bomben. Das ganze Ausmaß des Fundes wurde aber erst später deutlich. Während der Bergungsarbeiten fanden die Polizeitaucher weitere Bomben. Insgesamt wurden innerhalb eines Monats aufgrund von Hinweisen der Adlershofer Taucher 16 deutsche 50-kg-Fliegerbomben und eine Granate aus dem Müggelsee geborgen. Es handelte sich um einen der größten Funde dieser Art in der Berliner Nachkriegsgeschichte. Die Polizei sperrte das Areal weiträumig ab und unterbrach den Schiffsverkehr auf der Fahrrinne. Nach der Bergung wurden die je 50-Kilogramm schweren Sprengkörper an Land entschärft. Die mit Aufschlagzündern ausgestatteten Fliegerbomben waren in sehr unterschiedlichem Zustand gewesen. Die Zünder seien häufig völlig verrostet oder verbogen gewesen.
Wie und wann die Bomben in den See gelangt sind, insbesondere warum sie an der Fundstelle so ungewöhnlich dicht beieinander lagen, ist unklar. Es kursierten zunächst Gerüchte von einer künstlichen Stadt im Müggelsee, die im Zweiten Weltkrieg errichtet wurde um die englischen und amerikanischen Bomberpiloten zu irritieren. Angeblich sollen auf dem Großen Müggelsee Flöße mit Häuserattrappen aus Aluminium errichtet worden sein, um das für Berlin wichtigste Wasserwerk in Friedrichshagen vor Zerstörung zu schützen und die alliierten Bomber von diesem Ziel abzulenken. Das Wasserwerk konnte tatsächlich ungefährdet von den Bombenteppichen produzieren.
Als sich beim Entschärfen der Sprengkörper herausstellte, dass es sich um deutsche Fliegerbomben handelte, wurde vermutet, dass sich hier während des Krieges ein getroffenes deutsches Kampfflugzeug durch einen Notabwurf seiner gefährlichen Fracht entledigt hatte. Die Bomben konnten aber auch nach Kriegsende zum Müggelsee gebracht und dort auf Befehl der Alliierten versenkt worden sein.